Είναι γνωστό σε όλους ότι το 90% των νοητικών διεργασιών του Μητροπολίτη Πειραιώς Σεραφείμ έχουν να κάνουν με τη θεματική της ομοφυλοφιλίας και ακόμα περισσότερο με το Σύμφωνο Συμβίωσης για τα ομόφυλα ζευγάρια. Ο Σεραφείμ (ο οποίος έχει υποστηρίξει στο παρελθόν ότι θα γίνουμε όλοι τσίψ και ότι το στοματικό σεξ προκαλεί καρκίνο) αποφάσισε να κινηθεί δικαστικά και εναντίον του Σύμφωνου Συμβίωσης για τα ομόφυλα ζευγάρια.

Όπως αναφέρει η γ.γ. Διαφάνειας και Ανθρωπίνων Δικαιωμάτων, ο Μητροπολίτης Πειραιώς προσφύγει στο ΣτΕ με σκοπό την ακύρωση του συμφώνου συμβίωσης για ομόφυλα ζευγάρια. Συγκεκριμένα η κα Μαρία Γιαννακάκη αναφέρει στο koutipandoras.gr:

Οι αιτήσεις ακύρωσης αφορούν μία απόφαση του υπουργείου Εσωτερικών, με μία εξ αυτών να βασίζεται σε δύο επιχειρήματα: Το ένα αφορά την προσβολή των χρηστών ηθών και το άλλο πως ο άνθρωπος δεν αναγνωρίζεται ως έμφυλο ον και αυτό γιατί στο σύμφωνο συμβίωσης για τα ομόφυλα ζευγάρια υπάρχει μέρος Α και μέρος Β

Οι αιτήσεις, όπως σημειώνει η κ. Γιαννακάκη, προέρχονται από τον Σεραφείμ Πειραιώς, δηλαδή την Μητρόπολη Πειραιά, από τη Μητρόπολη Κυθήρων και από τη Μητρόπολη Γορτυνίας και Μεγαλοπόλεως, όπως επίσης και από διάφορους κατά τόπους ιερείς αλλά και από θρησκευτικές οργανώσεις. Σύμφωνα με την κα. Γιαννακάκη οι αιτήσεις ακυρώσεως είναι εξαιρετικά προσβλητικές για τους ομοφυλόφιλους και για την Πολιτεία, αλλά οι αιτούντες εκφράζουν προσωπικές απόψεις και όχι τη θέση της Εκκλησίας. Η Εκκλησίας είχε τοποθετηθεί από από τον εκπρόσωπό της στις αρμόδιες Επιτροπές της Βουλής κατά τη συζήτηση του σχετικού νομοσχεδίου όπου είχε αναφέρει:

Η εκκλησία δεν έρχεται να διδάξει άρνηση στη ρύθμιση σχέσεων πολιτών μεταξύ τους. Έρχεται, μόνο και μόνο, να υπενθυμίσει το γεγονός ότι έχει τη δική της διδασκαλία από τη θεολογία της, η οποία αντιμετωπίζει το γάμο ως μυστήριο μέγα. Η εκκλησία της Ελλάδας, λοιπόν, έρχεται να πιστοποιήσει τη διδασκαλία της, έρχεται να καταθέσει τις απόψεις της, όχι για να αρνηθεί ρυθμίσεις σχέσεων, όχι για να αρνηθεί το δικαίωμα στο κράτος να ρυθμίσει τις σχέσεις του με τους πολίτες, αλλά για να δείξει τη δική της πρόταση και να τονίσει ότι θεωρεί κάποια δεδομένα πράγματα ως οικογένεια, αυτά τα προστατεύει, γύρω από αυτά κινείται και ό,τι άλλο βρίσκεται πέρα από τη δική της διδασκαλία, δεν μπορεί να αποτελέσει και δικό της αντικείμενο αρμοδιότητας